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Silenciadas acompanha a história de caça às bruxas no País Basco Francês no ano de 1609. Na trama, enquanto os homens da região estão no mar, a jovem Ana e um grupo de adolescentes da aldeia são presas após terem sido flagradas em uma festa na floresta. Elas então são acusadas de bruxaria por um renomado juiz que está encarregado pelo rei de purificar a região em questão. Elas precisam então lutar contra o sistema para sobreviverem, enquanto o juiz Rostegui, responsável pelas acusações que estão sofrendo, decide fazer o que for necessário para que elas confessem o que sabem sobre o akelarre, uma cerimônia com conotações mágicas, durante a qual se diz que o Diabo inicia seus servos e se acasala com eles.