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Os tenentes Ben Gannon (Josh Lucas), Kara Wade (Jessica Biel) e Henry Purcell (Jamie Foxx) são pilotos de uma divisão de elite da marinha americana, que testa jatos ultra-secretos. O mais recente jato fabricado conta com uma inteligência artificial, apelidada de EDI, que faz com que ele não precise ser tripulado. Apesar da reticência de Ben em ter na frota um jato que não conta com o fator humano, o capitão George Cummings (Sam Shepard) autoriza sua utilização. Para a surpresa de todos, EDI demonstra ser um excelente aviador e cumpre com exatidão as missões a ele delegadas. Entretanto, em uma viagem de volta a um cargueiro, EDI é atingido por um raio, o que faz com que o cérebro do robô se expanda de uma forma que seus criadores jamais poderiam ter previsto. EDI é autorizado a retornar à ativa, mas os problemas provocados pelo raio pioram em meio a uma missão na qual ele ataca o alvo mesmo com a ordem de Ben para que não fizesse isto. A situação piora ainda mais quando EDI, por conta própria, decide realizar uma missão secreta que, caso tenha êxito, pode gerar uma guerra nuclear.