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José Isaías de Noronha nasceu no Rio de Janeiro, em 1873.

Militar, ingressou no curso preparatório da Escola Naval em 1887, seguindo o exemplo de muitos membros da sua família que se destacaram na carreira militar, inclusive seu pai, que chegou a general do Exército. Em 1923, obteve a patente de contra-almirante e assumiu a direção da Escola Naval, onde permaneceu até 1925. Entre 1926 e 1927 voltaria a dirigir aquela instituição. Em seguida, assumiu o posto de comandante-em-chefe da esquadra brasileira, até 1928.  

Em outubro de 1930, com o início do movimento revolucionário promovido pelas forças de oposição ao governo federal, membros da alta oficialidade das Forças Armadas anteciparam-se aos revoltosos e depuseram o presidente Washington Luís. Em seu lugar foi empossada, no dia 24 de outubro, uma Junta Governativa da qual faziam parte Isaías de Noronha, representando a Marinha, e os generais Mena Barreto e Tasso Fragoso. Isaías de Noronha acumulava, ainda, o cargo de ministro da Marinha. Em 3 de novembro, a Junta passou o governo a Getúlio Vargas, comandante das forças revolucionärias.

Após a posse do novo governo, Isaías de Noronha foi mantido à frente da pasta da Marinha. Pediu demissão do cargo no mês seguinte. Em 1931, foi promovido a vice-almirante e elegeu-se para a presidência do Clube Naval.

Morreu no Rio de Janeiro, em 1963.