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As ciências biológicas enfrentam várias dificuldades para a definição de seu objeto e de seus métodos. As principais dificuldades são:

● definição e classificação dos objetos biológicos: o objeto da biologia não é o indivíduo, mas o gênero e a espécie. As dificuldades científicas estão na escolha dos critérios de classificação para definir um gênero e uma espécie. É a forma dos seres vivos que determina o gênero e a espécie? Nesse caso, o critério é a morfologia. Ou é a ordem temporal de aparição de um gênero e uma espécie que deve ser o critério? Nesse caso, a paleontologia e a embriologia definiriam gêneros e espécies;  

● dificuldades do método experimental: a vida é uma relação ativa, dinâmica e diferenciada dos organismos com o meio ambiente, mas o conhecimento experimental é realizado em laboratórios, que definem condições fixas para o relacionamento organismo-meio. Como confiar inteiramente nos resultados experimentais, se as condições de laboratório são abstratas e artificiais, não correspondendo à situação vital concreta dos organismos?;

● dificuldades de experimentação no organismo humano: de modo geral, a experimentação biológica trabalha com animais e não com seres humanos, e o primeiro problema consiste em saber se as conclusões obtidas com animais teriam validade para o organismo humano. Procura-se compensar tal dificuldade com o estudo dos organismos humanos doentes, tomando-se a doença como uma espécie de “experimento natural”. Mas o problema, agora, é saber se o modo de funcionamento de um organismo doente pode ser generalizado para o sadio. O mesmo problema se põe quando a biologia estuda os cadáveres humanos, pois cabe perguntar se o morto pode explicar o vivo.